前7世纪吕底亚人开始控制伊奥尼亚；公元前547年，波斯帝国的居鲁士二世征服了伊奥尼亚，但此后伊奥尼亚的希腊语城邦一直在寻求独立。波斯人为了便于统治，遂给这些城邦委任了僭主。到了前499年，米利都和阿里司塔哥拉斯的僭主在波斯的支持下出海远征纳克索斯岛失败而被解任。阿里司塔哥拉斯人趁机鼓动整个小亚细亚的伊奥尼亚希腊语地区起来反抗波斯的统治，由此拉开了伊奥尼亚叛乱的序幕。随着叛乱的发展，越来越多的小亚细亚小国被卷入到这场纷争中。前500年爆发了伊奥尼亚人起义，由于雅典的介入从而导致了希波战争。前470年代随希腊的胜利，整个小亚细亚西海岸，包括伊奥尼亚，脱离了波斯的统治。但前386年伊奥尼亚再次落入波斯之手。
马其顿亚历山大大帝开始征服波斯帝国时伊奥尼亚重新并入希腊。亚历山大死后伊奥尼亚成为他的继承人之间的争夺品。
前133年它成为罗马的亚细亚省的一部分。395年后它属于东罗马帝国。11世纪末期塞尔柱突厥人占领伊奥尼亚，但又被东罗马人驱逐。1359年之后伊奥尼亚终于被奥斯曼帝国征服。
色佛尔条约曾将这里划给希腊，洛桑条约后归还给土耳其，今天它是土耳其共和国的一部分。